Nicolás Barrientos and Eduardo Struvay were the defending champions but chose to participate with different partners. Barrientos partnered Ruben Gonzales while Struvay partnered Alejandro Falla. Barrientos lost in the first round to Gonzalo Escobar and Juan Ignacio Londero.
| Men's doubles | |
|---|---|
| 2016 Claro Open Medellín | |
| Champions |  Alejandro Falla Eduardo Struvay |
| Runners-up |  André Ghem Juan Lizariturry |
| Score | 6–3, 6–2 |
Struvay successfully defended his title, defeating André Ghem and Juan Lizariturry 6–3, 6–2 in the final.
Seeds edit
Nicolás Barrientos / 
Ruben Gonzales (first round)
Fernando Romboli / Caio Zampieri (semifinals)- Alejandro Falla / Eduardo Struvay (champions)
- André Ghem /
Juan Lizariturry (final)
Draw edit
Key edit
- Q = Qualifier
- WC = Wild card
- LL = Lucky loser
- Alt = Alternate
- SE = Special exempt
- PR = Protected ranking
- ITF = ITF entry
- JE = Junior exempt
- w/o = Walkover
- r = Retired
- d = Defaulted
- SR = Special ranking
| First round | Quarterfinals | Semifinals | Final | ||||||||||||||||||||||||
| 1 | N Barrientos R Gonzales
| 6 | 2 | [8] | |||||||||||||||||||||||
 G Escobar JI Londero
| 1 | 6 | [10] | G Escobar JI Londero
| 6 | 7 | |||||||||||||||||||||
| WC | DE Galán Sergio Luis Hernández Ramírez
| 5 | 3 | O Luz M Zormann
| 3 | 5 | |||||||||||||||||||||
| O Luz M Zormann
| 7 | 6 | G Escobar JI Londero
| 3 | 77 | [5] | |||||||||||||||||||||
| 4 | A Ghem J Lizariturry
| 6 | 6 | 4 | A Ghem J Lizariturry
| 6 | 61 | [10] | |||||||||||||||||||
 Bastián Malla G Rivera-Aránguiz
| 2 | 1 | 4 | A Ghem J Lizariturry
| 6 | 6 | |||||||||||||||||||||
| WC | Felipe Mantilla Sebastián Serrano
| 4 | 7 | [11] | WC | F Mantilla S Serrano
| 4 | 4 | |||||||||||||||||||
| WC | José Daniel Bendeck Gregorio Cordonnier
| 6 | 5 | [9] | 4 | A Ghem J Lizariturry
| 3 | 2 | |||||||||||||||||||
| F Mena Jorge Montero
| w/o | 3 | A Falla E Struvay
| 6 | 6 | ||||||||||||||||||||||
| A Collarini G Lama
| F Mena J Montero
| 4 | 4 | ||||||||||||||||||||||||
| Alt | R Matos J Menezes
| 2 | 3 | 3 | A Falla E Struvay
| 6 | 6 | ||||||||||||||||||||
| 3 | A Falla E Struvay
| 6 | 6 | 3 | A Falla E Struvay
| 6 | 6 | ||||||||||||||||||||
| R Hocevar J Pereira
| 6 | 3 | [10] | 2 | F Romboli C Zampieri
| 4 | 3 | ||||||||||||||||||||
 M Felder R Olivo
| 3 | 6 | [3] | R Hocevar J Pereira
| 4 | 1 | |||||||||||||||||||||
 C Lindell B Sant'Anna
| 2 | F Romboli C Zampieri
| 6 | 6 | |||||||||||||||||||||||
| 2 | F Romboli C Zampieri
| w/o | |||||||||||||||||||||||||